解题思路：地球上的碳循环反应了圈层之间的相互作用和相互影响．而大气圈中的碳主要参与了植物的光合作用，生物的呼吸作用，化石燃料的形成等．
大气中的二氧化碳通过植物的光合作用，转化为有机化合物，然后通过食物链传递．生物有机体在适宜的地质条件下积累而形成的泥炭、煤、石油、天然气等化石燃料，是碳的巨大储存库．它们被燃烧后生成二氧化碳和一氧化碳后，又释放到大气中，参与地球上的碳循环．另外，生物的呼吸作用也是地球碳循环的重要组成部分．大气圈在垂直方向上自下而上分为对流层、平流层、高层大气．植物的光合作用，生物的呼吸作用，化石燃料的燃烧都应发生在对流层．
故答案为：A．
点评：
本题考点： 大气的垂直分层及各层对人类活动的影响．
考点点评： 该题主要考查的是地球上的碳循环，它联系了四大圈层，本题考查的是它主要参与了大气圈，参与大气圈的主要环节有植物的光合作用，生物的呼吸作用，化石燃料的燃烧等．那么，它们发生在对流层．