解题思路：生命系统结构层次由小到大依次为：细胞、组织、器官、系统、个体、种群、群落、生态系统．
细胞是生命系统结构中的最基本层次，而生物圈是最大的生命系统层次．
A、生态系统包括无机环境和生物群落，此处不包括无机环境，A错误；
B、由于酸奶受到污染，瓶中有多种微生物，因此这瓶酸奶中所有的微生物属于生命系统的群落层次，B正确；
C、种群是指生活在该区域中同种生物个体的总和，C错误；
D、细胞是生命系统结构中的最基本层次，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 细胞的发现、细胞学说的建立、内容和发展．
考点点评： 本题属于简单题，考查了生命系统结构层次的相关知识，要求考生能够识记各相关层次的定义，根据定义进行解题．