解题思路：本题是考查物种形成过程，物种形成的基本环节有：突变和基因重组产生进化材料；自然选择决定生物进化方向；隔离导致物种形成．根据题图提示回忆物种形成的过程，然后分析选项进行解答．
A、自然选择过程中，直接选择的是个体，是表现型，进而导致基因频率的改变，A错误；
B、生物进化的实质是种群基因频率的改变，只要种群的基因频率发生了改变，生物就发生了进化，B错误；
C、地理隔离能使基因库产生差别，但不一定能导致生殖隔离，只有种群的基因库的差别足够大时才会导致生殖隔离，C错误；
D、种群基因频率改变是产生生殖隔离的前提探究，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 物种的概念与形成．
考点点评： 本题的知识点是物种形成的基本环节和物种形成过程，对现代生物进化理论的理解与掌握是解题的关键．