解题思路：可遗传的变异有三种来源：基因突变、染色体变异和基因重组．基因重组的方式有同源染色体上非姐妹单体之间的交叉互换和非同源染色体上非等位基因之间的自由组合；基因突变是基因结构的改变，包括碱基对的增添、缺失或替换；染色体变异是指染色体结构和数目的改变．
A、基因突变的特点是低频性，不可能总会有一些差异，A错误；
B、一棵水稻上收获的种子有很多，由于减数分裂过程中，非同源染色体的自由组合，因此它们可能是由不同配子结合而成，从而使种子发育而成的个体之间总会有一些差异，B正确；
C、基因分离是指等位基因在减数分裂分裂过程中，会随同源染色体的分离而分离，不属于变异，C错误；
D、一棵水稻所收获的种子发育而成的个体之间的差异，主要是基因重组造成的，并非染色体发生变异，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因重组及其意义．
考点点评： 本题考查生物变异的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．