利用基因重组技术构建的生物工程菌的发酵工艺不同于传统的发酵工艺,就其选用的生物材料而言,前者含有带外源基因的重组载体;而后者是单一的微生物细胞;从发酵工艺考虑,生物工程菌的发酵生产之目的是希望能获得大量的外源基因产物,尽可能减少宿主细胞本身蛋白的污染,外源基因的高水平表达,不仅涉及宿主,载体和克隆基因三者之间的相互关系,而且与其所处的环境条件息息相关,因此仅按传统的发酵工艺生产生物制品是远远不够的,需要
对影响外源基因表达的因素进行分析,探索出一套适于外源基因高效表达的发酵工艺.
基因工程菌发酵问题中最重要的两个问题是菌体的高密度发酵和诱导条件的确定.菌株的高密度生长将导致供氧不足和培养基中大量乙酸的产生,这将极大的影响菌体的生长,这是一个值得注意的地方；另外,菌体密度的高低与外源蛋白表达量之间并没有直接相关性,它们之间的结合点就是诱导条件的确定.另外,不同的发酵条件,工程菌的代谢途径也许不一样,这对目标蛋白的下游纯化工艺将造成不同的影响.因此,在高表达高密度的前提,尽量建立有利于纯化的发酵工艺也是非常重要的问题.