解题思路：根据系谱图首先判断乙病，图中看出Ⅲ1的双亲不患乙病，因此判断该病为常染色体隐性遗传病，因此甲病为伴性遗传．系谱图中，父亲患甲病，女儿均患甲病，母亲正常，儿子表现正常，因此该病应为X染色体显性遗传病．
（1）由于Ⅲ1为乙病女患者，而其父母均不患乙病，故为常染色体隐性遗传病．又由于题目中“其中一种病为伴性遗传”，因此可判断甲病为伴X染色体遗传病，由于甲病患者数量很多，代代遗传，综合这些信息可判定为显性遗传．据此可推断出Ⅲ1的基因型为bbXaXa．Ⅲ2的基因型为[1/3]BBXAY、[2/3]BbXAY，Ⅲ3的基因型为[3/4]BBXaXa、[1/4]BbXaXa，二者近亲结婚，患乙病概率为[1/24]，患甲病概率为[1/2]，子女同时患甲乙两病的概率为[1/48]．
（2）II1的基因型为BbXaY，II2的基因型为BbXAXa，因此后代不患乙病概率为[3/4]，不患甲病概率为[1/2]，则不患病概率为[3/8]，患病概率为[5/8]．
（3）非等位基因的实质是染色体上不同位置控制不同性状的基因．
故答案为：
（1）bbXaXa[1/48]
（2）[5/8]
（3）染色体上不同位置控制不同性状的基因
点评：
本题考点： 常见的人类遗传病；伴性遗传．
考点点评： 本题具有一定的难度，属于考纲中理解、应用层次的要求，考查了伴性遗传和自由组合定律的应用，以及生物变异的有关知识，要求考生能够结合题意分析系谱图，判断出两种遗传病的遗传方式，并且能够熟练运用基因的自由组合定律进行相关概率的计算．