从培养基看,细菌菌落较小；整个菌落湿润,易被接种环挑起；菌落只长在培养基表面；常有臭味；球菌形成隆起的菌落；有鞭毛细菌常形成边缘不规则的菌落；具有荚膜的菌落表面较透明,边缘光滑整齐；有芽孢 的菌落表面干燥皱褶；有些能产生色素的细菌菌落还显出鲜艳的颜色.真菌菌落较大；较干燥,因为菌丝的生长深入培养基,所以不易挑起；菌落形态因种类不同而不同,常有菌丝生长入空中；常有霉味.
从结构上看,细菌为原核生物,不具有细胞核结构,只在中心有拟核；除核糖体外没有其它细胞器；细胞膜外常有鞭毛或纤毛等很特殊接构.真菌为真核生物,具有完整的细胞核；具有线粒体等真核细胞器.
从遗传物质上看,细菌只有DNA,而真菌不仅有DNA,还有RNA.