解题思路：1、基因频率改变并不一定就会产生新的物种，基因频率改变代表生物进化，进化也不一定就产生了新物种．新物种的产生一定要以出现生殖隔离为标准．
2、影响基因频率改变的因素有突变和基因重组、自然选择等．
3、将目的基因导入受体细胞：根据受体细胞不同，导入的方法也不一样．将目的基因导入植物细胞的方法有农杆菌转化法、基因枪法和花粉管通道法；将目的基因导入动物细胞最有效的方法是显微注射法；将目的基因导入微生物细胞的方法是感受态细胞法．
4、基因工程的工具有：限制性核酸内切酶、DNA连接酶和运载体．需要限制酶来切割以获取目的基因，同时需要相同的限制酶切割运载体以获取与目的基因相同的黏性末端，再通过DNA连接酶连接目的基因和运载体．
A、转基因马铃薯和普通马铃薯不存在生殖隔离，仍然属于同一物种，A错误；
B、原来马铃薯是没有人奶蛋白基因的，基因频率为零，人为种植了之后，肯定要不断选择，于是基因频率会增大的，B错误；
C、马铃薯的叶肉细胞可以作为受体细胞，导入目的基因后进行植物组织培养，C错误；
D、由于同种限制酶识别DNA分子相同的特定核苷酸序列，所以用同种限制酶，分别处理质粒和含目的基因的DNA，可产生相同的黏性末端而形成重组DNA分子，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术
考点点评： 本题以培育能使马铃薯块茎含有人奶蛋白的过程，要求学生掌握物种的概念，理解影响基因频率改变的因素，识记限制酶的作用，再结合所学知识分析各个选项，难度适中．