选C.
自交第一代：Aa（亲代）→AA+2Aa+aa,可以看出纯合子占比例为1/2.
自交第二代：由于纯合子自交后代还是纯合子,所以第一代中占1/2的纯合子自交到第二代仍是纯合子,占总数的1/2；再来讨论一代中剩余的杂合子：Aa（子一代）→AA+2Aa+aa.可以看出纯合子又是二分之一,而这个二分之一是在总数为1/2的杂合子自交后代中的,所以占总数的1/2×1/2=1/4.于是第二代中纯合子占1/2+1/4=3/4,杂合子占1/4.
自交第三代：同理,纯合子后代全是纯合子占总数3/4,杂合子后代中纯合子占1/2,于是占总数的1/2×1/4=1/8.所以自交第三代的纯合子占总数的比例为3/4+1/8=7/8.
也可以用每一代杂合子都是上一代的1/2来计算第三代杂合子占总数的1/2×1/2×1/2=1/8,所以纯合子占1-1/8=7/8.
故选C.