一般有下面几种方法：
薄膜过滤—使用标称孔径不超过0.45 um的薄膜过滤器.选择过滤材质的类型,其截留细菌能力应不被供试品的组份所影响.对于列出的每种微生物,使用一个薄膜过滤器.
加入适当量的,按照样品制备、接种和稀释、以及抗微生物活性的中和/去除所述制备的样品（通常是代表1g产品,或如果预期有大量cfu,可以更少量）于膜过滤器,立即过滤,并用合适量的稀释剂冲洗膜过滤器.
为了确定好氧微生物的总数（TAMC）,将薄膜过滤器的移到大豆-酪蛋白消化琼脂表面上.为了确定酵母菌和霉菌总数（TYMC）,将薄膜转移到沙氏葡萄糖琼脂表面上.按表1所述培养平板,进行计数.
平板计数法—对每种培养基执行平板计数法时至少重复一次,使用平均计数结果.
倾注平板法—在直径9cm的培养皿中,加入按照样品的制备、接种与稀释和抑菌活性的中和/去除所述制备的样品1mL,以及15到20mL的大豆-酪蛋白消化琼脂或沙氏葡萄糖琼脂,保持两种培养基温度均不超过45°.如果使用更大的培养皿,则相应增加培养基的量.对于表1中列出的各种微生物,至少使用两个培养皿.
按表1所述培养平板.采用每种培养基计数的算数平均值,并计算原始接种物的cfu数.
表面铺展法—对于直径9cm的培养皿,在每个培养皿加入约45°的15到20mL的大豆-酪蛋白消化琼脂或沙氏葡萄糖琼脂,使其凝固.如果使用更大的培养皿,相应增加琼脂的量.在层流柜或培养箱中使平板干燥.表1中列出的每种微生物,至少用两个培养皿.将已测体积,不少于0.1mL的样品铺展到培养基表面上,样品是按照样品的制备、接种与稀释和抑菌活性的中和/去除所述制备的.按倾注培养法所述培养并计数.
最大机率（MPN）法—MPN法的精密度和准确性要比薄膜过滤法或平板计数法低.计霉菌数得到的结果尤其不可信.因此,保留MPN法仅在无其它可用方法时对TAMC计数.如果所用方法判定,按如下进行.
制备一系列,至少三个10倍系列稀释的按照样品的制备、接种与稀释和抑菌活性的中和/去除所述制备的样品.从每个级别的稀释液中,取1g或1mL接种到三个含有9到10mL的大豆-酪蛋白消化肉汤的试管中.如有必要,可以在培养基中加入类似聚山梨醇酯80的表面活性剂或抑菌因子灭活剂.因此,如果制备了三个稀释度,就要接种9个试管.
所有试管在30° 到35°培养不超过3天.如果由于供试品特性而导致读出结果困难或不确定,则在同种肉汤或大豆-酪蛋白消化琼脂上以相同的温度再次培养1到2天,并使用此次结果.