解题思路：已知三对等位基因遵循基因的自由组合定律，根据每一对基因杂交后代出现相关基因型的比例进行计算．
杂交组合AaBbDd×AaBbdd，分别考虑每一对基因杂交的情况：第一对杂交组合是Aa×Aa，子代出现Aa的概率是[1/2]；第二对杂交组合是Bb×Bb，子代出现BB的概率是[1/4]；第三对杂交组合是Dd×dd，子代出现Dd的概率是[1/2]，所以[1/2]×[1/4]×[1/2]=[1/16]．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因的自由组合规律，考查学生对自由组合规律的理解能力．