解题思路：种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质在于种群基因频率的改变．突变和基因重组、自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，通过它们的综合作用，种群产生分化，最终导致新物种的形成．其中突变和基因重组产生生物进化的原材料，自然选择使种群的基因频率发生定向的改变并决定生物进化的方向，隔离是新物种形成的必要条件．
A、加拉帕戈斯群岛上的几种地雀物种是经长期的地理隔离后达到生殖隔离而形成的，故A正确；
B、细菌的抗药性变异在使用抗生素之前就已经发生，抗生素的作用只是对细菌的变异进行选择，故B错误；
C、抗生素对细菌的变异进行定向选择的过程中，耐药的个体保留下来，不耐药的个体被淘汰，导致细菌种群耐药性基因频率增大，故C正确；
D、对生物体有害的隐性基因在纯合状态下会表达该有害性状，导致其在自然选择过程中被淘汰，而在杂合状态下，该基因不会表达有害性状，不容易在自然选择过程中被淘汰，故D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容．
考点点评： 本题考查变异和生物进化的相关知识，意在考查考生的识记能力和理解所学知识要点，把握知识间内在联系的能力；能运用所学知识与观点，通过比较、分析与综合等方法对某些生物学问题进行解释、推理，做出合理的判断或得出正确的结论．