元素是宏观概念,原子是微观概念.
自然界所有的物质都是由元素组成的,从根本上也都是由原子构成的.
在元素周期表上,元素种类只由核电荷数（或原子序数、质子数）决定,但原子种类则由核电荷数和中子数共同决定.一种元素可能对应多种原子（称为核素）,比如氕、氘、氚是三种不同的原子,但它们都属于氢元素.
自然界所有的有某个特定的质子数的原子以及它们所产生的离子共同组成了该种元素.比如铁元素是由自然界所有的Fe原子、Fe 2+离子、Fe 3+离子等等组成的.
对于单原子分子的物质（或是金属）,则其元素和原子均可以用元素符号表示.比如Fe既表示铁元素又表示铁原子,He即表示氦元素又表示氦原子.（当然,这些情况下该种元素符号还可以表示该种物质本身,比如Fe表示铁单质,He表示氦气）