解题思路：1、阅读题干可知，该题涉及的知识点是生物变异的类型和可遗传变异的来源，基因自由组合定律的实质，单倍体育种和多倍体育种，梳理相关知识点，然后分析选项进行解答；
2、生物的变异由可遗传变异、不遗传变异，不遗传变异是单纯由环境改变引起的变异，遗传物质没有发生改变，可遗传变异的来源有基因突变、基因重组和染色体变异；
3、基因自由组合定律是进行有性生殖的生物在形成配子时，等位基因分离的同时，位于非同源染色体上的非等位基因能进行自由组合．
A、位于非同源染色体上的非等位基因能进行自由组合，位于一对同源染色体上的非等位基因不能进行自由组合，A错误；
B、单倍体育种的优点是能明显缩短育种年限，B正确；
C、生物的变异由可遗传变异、不遗传变异，可遗传变异的来源有基因突变、基因重组和染色体变异，C错误；
D、三倍体无子西瓜的原理是染色体变异，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 染色体组的概念、单倍体、二倍体、多倍体；基因突变的特征．
考点点评： 本题旨在考查学生理解所学知识的要点，把握知识的内在联系，并应用相关知识对某些生物学问题进行解释、推理、判断的能力．