是这样的：
第一句话的字面意思是：我想让我（的话）被你理解.也就是说,我希望你明白我所说的.这个句子里面有一个被动语态,me是被理解的对象,by用于引出动作“理解”的执行者you,写出了by能更直接的表明了这里是一个被动结构.实际上,这句话即使不加上by you仍然是正确的,只不过读者就不知道到底是谁理解me 了.
第二句话的意思是：我想让我理解你（的话）.
或者,你也可以简单地这样记：
第一句话是这个结构来的：make A done(by B).让A被(B).(A、B均表示人,在本结构中,by B 可以不写出来)
第二句话是这个结构来的：make sb do sth:让某人做某事
结合被动语态理解一下吧.