解题思路：不同的细胞器功能不同，在分泌蛋白的合成过程中，核糖体是合成蛋白质的场所，内质网对合成的蛋白质进行初步加工和运输，高尔基体对该蛋白质进一步加工和运输，最终通过胞吐作用运输到细胞外．
A、线粒体基质是有氧呼吸第二阶段的场所，叶绿体基质是光合作用暗反应阶段的场所，由于酶具有专一性，因此两者所含酶的种类不同，A正确；
B、高尔基体是细胞内加工和运输的场所，蛋白质合成的场所是核糖体，B错误；
C、细胞器在不同细胞中的分布与细胞的功能相适应，C正确；
D、由RNA和蛋白质组成的核糖体具有特定的空间结构，D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 细胞器中其他器官的主要功能；线粒体、叶绿体的结构和功能．
考点点评： 本题考查了真核细胞结构和功能的有关知识，难度不大，考生要能够运用结构与功能相适应的观点解决相关问题；识记核糖体是蛋白质合成的场所．