首先,真正编码基因的碱基很少
其次,非编码区也有很多作用,比如说：
编码rRNA等非表达RNA,
稳定染色体结构（端粒,比如说）,
构成染色体结构（着丝粒,比如说）,
形成了突变及进化的基础（编码突变成非编码,反之亦可）,
等等等等……
回答补充：
简单点儿说,就是任何生物的DNA都不全是基因.这里还需要重新阐述一下基因的定义：编码蛋白质的DNA片段.
以rRNA为例（这个你总该学了吧,就是构成核糖体的RNA片段）,它本质上不是一个蛋白质,但是目前除了某些特例之外,RNA都是以DNA为模板合成的（过程和mRNA基本相同）,所以基因组上就会有一部分DNA是用来编码rRNA的.不过因为这部分DNA编码的rRNA并不翻译成蛋白质,所以不能称之为“基因”,但其存在对于生物体来说又是必不可少的,所以也是非常重要的DNA序列.
其它非编码基因的作用基本大同小异,它们也都不会被翻译成任何蛋白质,但是对生物体来说也都是非常重要的组成.
对于最后关于突变进化的问题,你可以这样理
通过对各种生物的基因组的研究,我们基本上可以得出这样一个结论——越高等的生物体内DNA越大,其中非编码DNA就越多.简单的生物,比如病毒（这个东西到底算不算生物,学界还有争执）,其中几乎所有的DNA（或者RNA）都是用来编码蛋白的,有些蛋白的DNA序列甚至是重叠的（简单理解成一段DNA序列编码了蛋白质A的尾巴,同时又编码了蛋白质B的头）.在漫长的繁殖过程中,有些基因因为自然的突变失去了原有的活性,成为非编码区；有些基因则通过突变而产生了具有新功能的、更有利于生物体生存的蛋白质；有些DNA序列通过突变达到了稳定整个DNA分子的作用；而有些已经成为非编码区的DNA也可以通过突变重新变成编码蛋白质的基因……久而久之,由于DNA序列的增多、减少以及改变,新的物种就诞生了,而这就是进化～