有,比如氢气.
氢气只含有氢元素.氢气分子中有两个氢原子.这两个氢原子种类可以不同的,因为氢原子有三种同位素,氕、氘和氚.所以氢气就可以由一种元素组成（氢元素）,但却由不同种原子组成（氕、氘和氚）.
由一种元素组成的物质不可能是化合物,化合物至少要有两种元素组成.
对于氢气来说,仍然是单质（纯净物）.
9年级化学小疑问有没有物质是由一种元素组成的,但却由不同种原子组成的?那他属于化合物吗？
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由同种元素组成的物质一定是单质吗?由不同种元素组成的物质一定是化合物吗?请举例说明.
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