Question

PCR引物设计 5‘端富集GC 3’端少GC而且以T结尾 这样对吗

Answer 1

这样还不错.5‘段增加稳定性,3’端最好不要有太多的GC,一般来说,最后5个碱基里不要出现超过2-3个G或者C.因为3‘端是扩增的关键,一旦出现3’端的错配或者二聚体,因为GC配对是较为牢固的,是难以解开的.就可能会造成非特异扩展.

但是我建议最后一个如果可以的话以G、C结尾.

其实以我的经验,设计引物的那些原则可以不要太讲究,毕竟能跑出来才是硬道理.跑得漂亮自然更好.对于有些复杂区域,本来就很难设计引物,勉强也在所难免.