解题思路：A过程表示光合作用的光反应阶段：水的光解产生NADPH与氧气，以及ATP的形成，则X为ATP．B过程表示光合作用的暗反应阶段：CO2被C5固定形成C3，C3在光反应提供的ATP和NADPH的作用下还原生成葡萄糖．C过程表示有氧呼吸过程：葡萄糖和O2反应生成CO2和H2O．有氧呼吸第一阶段是葡萄糖分解成丙酮酸和[H]，释放少量能量；第二阶段是丙酮酸和水反应生成二氧化碳和[H]，释放少量能量；第三阶段是氧气和[H]反应生成水，释放大量能量．
A、A过程表示光合作用的光反应阶段：水的光解产生NADPH与氧气，以及ATP的形成，则X为ATP，A错误；
B、B过程表示光合作用的暗反应阶段，真核细胞的光合作用暗反应一定在叶绿体基质中进行，但原核细胞如蓝藻，没有叶绿体，进行光合作用的场所就不在叶绿体中，B错误；
C、C过程表示有氧呼吸过程，产生的能量约40%合成ATP，其余以热能形式散失，C正确；
D、C过程的第二阶段为有氧呼吸的第二阶段：丙酮酸和水反应生成二氧化碳和[H]并释放少量能量，没有消耗O2，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 有氧呼吸的过程和意义；线粒体、叶绿体的结构和功能；ATP与ADP相互转化的过程．
考点点评： 本题以图形为载体，考查了光合作用和有氧呼吸的过程及两者的联系．考查了学生识图、析图能力，运用所学知识分析和解决问题的能力，综合理解能力，有一定的难度．