解题思路：基因重组只发生在减数分裂过程中，包括两种类型：（1）四分体时期，同源染色体的非姐妹染色单体交叉互换；（2）减数第一次分裂后期，非同源染色体上的非等位基因自由组合．非同源染色体之间进行交叉互换不属于基因重组，属于染色体变异（易位）；同源染色体上的非姐妹染色单体之间相同片段的交换导致基因重组．
A、一对等位基因Aa遗传，只会发生基因的分离，不会发生基因的重组，基因重组发生在两对及两对以上基因的遗传，A错误；
B、基因A因替换、增添或缺失部分碱基而形成它的等位基因a属于基因突变，B错误；
C、减数第一次分裂四分体时期，同源染色体的非姐妹染色单体交叉互换，属于基因重组，C正确；
D、同卵双生兄弟间的基因型应该相同，所以他们之间性状的差异不是基因重组导致的，可能是突变或环境因素导致的，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因重组及其意义．
考点点评： 本题考查基因重组的相关知识，意在考查学生的识记能力和理解判断能力，属于中等难度题．