解题思路：据题意，红色长果与黄色圆果番茄杂交，即A_bb×aaB_，亲本基因型有多种情况：1、AAbb×aaBB，子代只有一种表现型红圆果（AaBb）；2、Aabb×aaBB，子代有2种表现型，红圆果（AaBb）和黄圆果（aaBb）；3、AAbb×aaBb，子代有2种表现型，红圆果（AaBb）和红长果（Aabb）；4、Aabb×aaBb，子代有4种表现型，红圆果（AaBb），黄圆果（aaBb），红长果（Aabb），黄长果（aabb）；只有3种不可能，其他情况都有可能．
A、假设两对基因A、a 和B、b，红长为A_bb，黄圆为aaB_．若亲本为AAbb和aaBB，则只有 AaBb，故A正确；
B、两对相对性状独立遗传，每对相对性状的控制基因交配后代的表型一般是两种或一种，没有3种表型出现，故B错误；
C、若亲本为Aabb和aaBB，则有AaBb：aaBb=1：1；若亲本为AAbb和aaBb，则有 AaBb：Aabb=1：1，故C正确；D、若亲本为Aabb和aaBb，则有AaBb：aaBb：Aabb：aabb=1：1：1：1，故D正确．所以其后代的基因型不可能出现1：2：1，故D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因自由组合定律的运用，意在考查学生分析问题和解决问题的能力，属于中档题，解题时需要熟记子代表现型及比例与亲代杂交组合的关系： 子代表现型比例 亲代基因型 3：1 Aa×Aa 1：1 Aa×aa 9：3：3：1 AaBb×AaBb 1：1：1：1 AaBb×aabb或Aabb×aaBb 3：3：1：1 AaBb×aaBb或AaBb×Aabb