若为胞内可溶性蛋白,需使用破胞法（如超声裂解）,使内容物释放,然后采用柱层析等步骤提取；若为胞内包涵体,细胞破碎后,离心,收集沉淀,采用变性/复性方法,获得纯度较高的蛋白；
若为胞外蛋白,需富集浓缩,再用常规方法提取.