解题思路：脱水缩合是指一个氨基酸分子的羧基和另一个氨基酸分子的氨基相连接，同时脱出一分子水．脱水缩合过程中的相关计算：
（1）脱去的水分子数=形成的肽键个数=氨基酸个数-肽链条数；
（2）蛋白质分子量=氨基酸分子量×氨基酸个数-水的个数×18．
假设组成该抗原蛋白质的肽键数为X，则该抗原蛋白质合成的过程中脱去的水分子数目也为X，该抗原蛋白质的分子量=氨基酸分子量×氨基酸个数-水的个数×18=128（1+X）-X×18＞10000，X＞89.7．因此，组成该抗原蛋白质的肽键数一般不少于90个．
故选：C．
点评：
本题考点： 蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合．
考点点评： 本题考查蛋白质的合成--氨基酸脱水缩合，要求考生识记氨基酸脱水缩合的过程，掌握该过程中的相关计算，能运用其延伸规律答题，属于考纲理解和应用层次的考查．