A、草履虫是一种原生动物,属于真核生物;
B、酵母菌是一种真菌,属于真核生物;
C、水绵是一种低等植物,属于真核生物;
D、蓝藻属于原核生物.
由此可见,念蓝藻的结构与其他三种生物存在明显差异.
故选:D.