解题思路：本题主要考查基因突变的知识．
基因突变是指基因中碱基对的增添、缺失和替换，引起基因结构的改变．基因突变的特征有：普遍性、随机性、低频性、不定向性、多害少利性．基因突变能产生新的基因（等位基因），是生物变异的根本来源．基因突变可以是显性突变，也可以是隐性突变．
①②同源染色体分离和非同源染色体自由组合不会使DNA分子结构发生改变，①②错误；
③DNA分子结构发生改变是分子水平上发生的变化，基因突变是DNA分子结构中碱基对的增添、缺失或改变导致，③正确；
④同源染色体上等位基因互换导致DNA分子的结构发生了改变，④正确；
⑤染色体结构变异有增添、缺失、倒位和易位四种情况，都有可能使基因的结构或排列顺序发生改变，⑤正确；
⑥染色体数目变异不会使DNA分子结构发生改变，⑥错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因突变的特征；基因重组及其意义；染色体结构变异的基本类型．
考点点评： 本题主要考查学生对知识的理解和辨析能力．要注意，基因突变是可遗传变异的三大来源之一，是生物变异的根本来源．另外，还要掌握基因突变不一定能导致生物性状的改变．比如：由于密码子的简并性（几个密码子都可以编码一个氨基酸的现象），一个碱基突变后，可能其氨基酸还是不变的，这样性状不会改变；如果突变发生在内含子或者发生隐性突变等等，生物性状也不会改变．