解题思路：1、基因工程是指按照人们的意愿，进行严格的设计，并通过体外DNA重组和转基因等技术，赋予生物以新的遗传特性，从而创造出更符合人们需要的新的生物类型和生物产品．
2、蛋白质工程指以蛋白质的结构规律及其与生物功能的关系作为基础，通过基因修饰或基因合成，对现有蛋白质进行基因改造，或制造一种新的蛋白质，以满足人类的生产和生活的需要．蛋白质工程是在基因工程的基础上，延伸出来的第二代基因工程．
A、基因工程和蛋白质工程操作的对象都是基因，都属于分子水平上的操作，A正确；
B、基因工程是按照人们的意愿，把一种生物的某种基因提取出来，加以修饰改造，然后放到另一种生物的细胞里，定向地改造生物的遗传性状，而不是改造基因的分子结构，B错误；
C、蛋白质工程是通过改造基因来实现对蛋白质的改造，C错误；
D、基因工程不能产生自然界根本不存在的基因，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 蛋白质工程；基因工程的诞生．
考点点评： 本题考查基因工程和蛋白质工程的相关知识，要求考生识记基因工程和蛋白质工程的概念，能对两者进行比较，再结合所学的知识准确判断各选项，属于考纲识记和理解层次的考查．