RNA探针:RNA探针的长度以50-150碱基为佳,探针易进入细胞,杂交率高,杂交时间短.长500个碱基的探针杂交时间约需20个小时左右,如超过500个碱基的RNA探针则在杂交前用有限碱基水解法控制其长度.
(1)孵育时间t = Lf- Lo / K × Lo ×Lf (Lo=核酸探针原长度(kb),Lf=核酸探针水解后所需长度(kb),K是常数率=0.11kb/min).
(2)在室温中加入下列试剂终止水解:3mol/L醋酸钠,6.6μl(终浓度0.1mol/L),醋酸1.3μl(终浓度为0.5%).
(3)加入下列试剂沉淀探针:7mol/L醋酸铵100μl,100%乙醇 750μl,RNA (10mg /ml) 2μl ,置 -20℃ 2 小时后恢复到室温,在1400rpm离心30min.
(4)小心将乙醇倒出,待试管内干燥后再用无菌ddH2O稀释到10ng/μl浓度.
(5)最终探针长度可于10% 聚丙稀酰胺凝胶在60℃ 的尿素中电泳检测.