A、可遗传变异包括基因突变，基因重组和染色体变异，病毒没有细胞结构，主要成分为蛋白质和核酸，可遗传变异为基因突变；细菌属于原核细胞，没有染色体，则不能发生染色体变异，增殖方式主要为二分裂（无性生殖），也不能发生有性生殖过程中基因重组，A正确；
B、基因突变在光学显微镜下不能观察到，染色体变异可再显微镜下观察，B错误；
C、细菌属于原核细胞，DNA不和蛋白质结合形成染色体，则不能发生染色体变异，C错误；
D、基因重组包括非同源染色体上的非等位基因自由组合、同源染色体上等位基因的交叉互换以及基因工程，D错误．
故选：A．