解题思路：根据两边平行且相等的四边形是平行四边形可以判断A选项不正确，根据有两个角是直角的平行四边形是矩形可以判断B选项错误，根据两条对角线互相垂直且相等的平行四边形是菱形可以判断C选项错误，有一个角是直角的菱形是正方形，故知D选项正确．
A、有两边平行且相等的四边形是平行四边形，故本选项错误，
B、有两个角是直角的平行四边形是矩形，故本选项错误，
C、两条对角线互相垂直且相等的平行四边形是菱形，故本选项错误，
D、有一个角是直角的菱形是正方形，故本选项正确，
故选D．
点评：
本题考点： 正方形的判定；平行四边形的判定；菱形的判定；矩形的判定；命题与定理．
考点点评： 本题主要考查正方形判定、矩形和菱形的判定，熟练掌握各类四边形的判定定理是解答本题的关键，此题难度不大，属于基础题．