解题思路：本题是对蛋白质结构多样性和功能的多样性应用，先梳理蛋白质结构多样性的原因和蛋白质的功能多样性，然后结合选项分析解答．
A、蛋白质结构决定其功能，蛋白质的空间结构改变，功能会发生变化，A错误；
B、蛋白质具有催化功能，但具有催化功能的物质不一定是蛋白质，还有可能是RNA，所以已知某化合物具有催化功能，不能推断此物质为蛋白质，B错误；
C、胰岛素的功能是调节机体生命活动，不是运输载体，不具有运输的功能，C错误；
D、蛋白质结构多样性的与构成蛋白质的氨基酸的种类、数目，排列顺序和肽链的空间结构有关，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 蛋白质分子结构多样性的原因；蛋白质在生命活动中的主要功能．
考点点评： 本题的知识点是蛋白质结构多样性的原因，酶、抗体、受体的本质、作用和作用特点，蛋白质的结构与功能的关系，运用这些知识点解题时要归纳到蛋白质的结构多样性和功能多样性上，形成知识网络，便于分析掌握．