相对论,进化论,纯粹物理都属于科学.
自然主义哲学只是建立在当前的科学和人们认知基础之上的对自然中存在的秩序和人类的科学思维和思考过程的总结而已.
比如人择原理
比如相对时间主义,绝对时间主义,空间相对主义,空间绝对主义,宇宙的手性,充足理由律,潜无穷,实无穷,离散宇宙等等等等
这些都是建立在人类现今认识的基础之上的对于自然的各种不同的理解（一定要强调：这是人的理解!）（比如上述的相对和绝对,它们是和相对论中所述的相对和绝对是完全不同的概念）
科学是实证的,客观的,尽管近年来有学者认为科学中也衍生出了主观的东西.但仔细究其本质,只是数学形式上的认识罢了.
而自然主义哲学,诸如上述所叙述的东西,则是主观的,使人们对自然的理解（要知道“理解”和用数学公式计算和预测是完全不同的两码事!）
当然,主观的自然主义哲学的观点不能违背实证的科学,否则它将被抛弃.
我个人认为自然主义哲学对于科学研究的指导意义不大.