解题思路：阅读题干可知，该题的知识点是变异的类型和异同点，可遗传变异在生物进化中作用，生物进化的实质，梳理相关知识点，然后分析选项进行解答．
A、可遗传变异为生物进化提供原材料，不遗传变异不能为生物进化提供原始材料，A错误；
B、太空射线能使种子发生的变异是不定向的，B错误；
C、物进化的实质是自然选择使基因频率发生定向改变，C正确；
D、个碱基对的缺失引起的变异属于基因突变，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 生物进化与生物多样性的形成；基因突变的特征．
考点点评： 本题考查变异与进化的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题的能力．