解题思路：甲磺酸乙酯（EMS）能使鸟嘌呤变成7-乙基鸟嘌呤，后者不与胞嘧啶配对而与胸腺嘧啶配对，说明EMS的处理可以提高基因突变的频率，使DNA序列中G-C转换成A-T，这属于基因突变，不是染色体变异，不会改变染色体数目．
A、基因突变是指DNA中碱基对的缺失、增添或替换．根据题干信息“甲磺酸乙酯（EMS）能使鸟嘌呤变成7-乙基鸟嘌呤，后者不与胞嘧啶配对而与胸腺嘧啶配对”可知：EMS的处理可以提高基因突变的频率，故A正确；
B、甲磺酸乙酯（EMS）能使鸟嘌呤变成7-乙基鸟嘌呤，后者不与胞嘧啶配对而与胸腺嘧啶配对，所以EMS能使DNA序列中G-C转换成A-T，故B正确；
C、双链DNA中，碱基之间的配对遵循碱基互补配对原则，即嘌呤总是与嘧啶配对，所以嘌呤含量等于嘧啶，故C错误；
D、EMS处理使水稻发生基因突变，但不能使稻种子细胞发生染色体变异，故D正确．
故选C．
点评：
本题考点： 杂交育种；碱基互补配对原则．
考点点评： 本题考查基因突变原理的应用，意在考查考生从题干获取有效信息的能力；理解所学知识要点的能力；能运用所学知识与观点，通过比较、分析与综合等方法对某些生物学问题进行解释、推理，做出合理的判断或得出正确的结论．