解题思路：对动物进行分类，除了要比较外部形态结构，还要比较动物的内部构造和生理功能．据此作答．
A、蜜蜂、蜂鸟、蝙蝠都会飞，都有翅．会飞属于生活习性，有翅属于外部特征，不符合题意．
B、鲸鱼、娃娃鱼、鲫鱼都生活在水中，把它们分为同类是根据其生活环境，不符合题意．
C、青蛙、扬子鳄、龟，青蛙属于两栖动物，心脏是两心房一心室，且肺比较简单需要皮肤辅助呼吸．扬子鳄和龟属于爬行动物，心脏是两心房一心室，但心室内有不完全的隔膜．肺比较发达，因此不能分为同类．不符合题意．
D、蝙蝠、鲸鱼、猫的体内都有脊椎骨构成的脊柱，根据这一内部构造的特点可以把它们归为脊椎动物．且都属于哺乳动物，体内都有膈，心脏都是四腔等，内部构造基本相同．符合题意．
故选：D
点评：
本题考点： 动物的分类．
考点点评： 熟练掌握动物的分类依据，并能结合题意，灵活的对动物进行分类．