据我的理解,楼主所举出的句子应该不是完整的句子,因为根本欠缺主语和谓语.若要它成为完整的句子,便必须加上主语和谓语,例如在句首加上 He is 或 This is 之类.
句中的 ends 是指 "目的",而 means 是指 "手段".所以,the ends always justify the means 是指 "目的永远都令手段变得合理",也就是指 "为求目的便可以不择手段".
所以,若加上 This is 作为主语和谓语,那麼,整句（This is a man seemingly without a consciece for whom the ends always justify the means）的意思便是：这个人彷佛毫无良心,他可以只求目的而不择手段.