解题思路：等位基因控制生物的相对性状，位于一对同源染色体上；同源染色体上的非等位基因遵循遗传的分离定律和自由组合定律；基因的表达有选择性，隐性基因不一定能够表达．
A、控制红宝石眼和朱红眼的基因是同一条染色体上的基因，不是等位基因，A错误；
B、据图示可知，该染色体上的基因呈线性排列，B正确；
C、该染色体上的基因若控制的性状为隐性性状，则在后代中不一定能表达出来，C错误；
D、白眼和朱红眼的基因位于同一条染色体上的非等位基因，不遵循基因的分离定律，D错误．
故选：B
点评：
本题考点： 基因与DNA的关系．
考点点评： 本题考查基因与DNA的关系，要求考生识记基因的概念，明确基因是有遗传效应的核酸片段；基因在染色体上线性排列，试题难度中等．