A、物质由分子、原子、离子构成,化学变化中元素种类不变,故A正确;
B、每种纯净物都有固定的组成,故B正确;
C、物质不都是由原子构成,原子是可分割,故C错误;
D、水不是一种元素,而是由氢元素和氧元素组成的化合物,故D正确.
故选:C.