土壤农杆菌是用来侵染植物的,它主要含有一个叫Ti质粒的T-DNA片段,用土壤农杆菌中的Ti质粒作为运载体．把目的基因重组人Ti质粒上的T-DNA片段中,再将重组的T-DNA插入植物细胞的染色体DNA中.这一方法主要用于植物基因工程中的外来基因的导入.
其主要方法是
1)诱导目标植物外植体；(2)构建含有目的基因的质粒；(3)质粒导人合适的农杆菌菌株中及该菌株的活化过程；(4)植物愈伤组织的微伤口处理及农杆菌侵染；(5)共培养及脱菌处理；(6)愈伤组织筛选、分化与植株再生；(7)再生植株及其后代的外源基因及其表达产物的分子检测；(7)转基因T1代的目标性状鉴定.
此外,农杆菌自身可以在体外条件下大量扩增其Ti质粒,那么插入的外源目的片段也得到大量的扩增.