（1）该实验的目的是验证细菌和真菌对植物的残枝败叶有分解作用，实验的变量是细菌和真菌，所以在设置对照组时，要控制其他可能影响实验结果的条件．即除了实验变量的条件不同外，其他条件都应该相同，因此甲乙两组要用相同的树叶．要保持树叶的湿润，说明细菌和真菌的生活需要水．细菌适宜生活在潮湿的环境中．
（2）方案一中，将甲组放在无菌条件下作为对照组，乙组放在自然条件下作为实验组．
方案二中，将甲组灭菌后放在无菌条件下作为对照组，乙组放在自然条件下作为实验组．
方案三中，将甲乙两组都进行灭菌处理，甲组放在无菌条件下作为对照组，乙组接种细菌和真菌后放在无菌条件下作为实验组．该方案因为实验前对照组与实验组所处的条件完全相同（都进行灭菌处理）；而实验后，除单一变量（接种与不接种）外，对照组与实验组又处于相同的条件下（无菌的条件）．可见，只有方案三排除了所有影响实验的干扰．因此，与方案一和方案二比较，方案三的实验结果更有说服力．
故答案为：（1）细菌和真菌；为了保证对照实验除了变量不同外，其他条件都相同；水；
（2）对照组；实验组；对照组；实验组；对照组；实验组；方案三．