由程序框图知:第一次运行f(1)=cos
π
3=
1
2,S=0+
1
2.n=1+1=2;
第二次运行f(2)=cos
2π
3=-
1
2,S=
1
2,n=2+1=3,
第三次运行f(3)=cosπ=-1,S=
1
2,n=3+1=4,
第四次运行f(4)=cos
4π
3=-
1
2,S=
1
2,n=4+1=5,
第五次运行f(5)=cos
5π
3=
1
2,S=1,n=6,
第六次运行f(6)=cos2π=1,S=2,n=7,
…
直到n=2016时,程序运行终止,
∵函数y=cos
nπ
3是以6为周期的周期函数,2015=6×335+5,
又f(2016)=cos336π=cos(2π×138)=1,
∴若程序运行2016次时,输出S=2×336=672,
∴程序运行2015次时,输出S=336×2-1=671.
故选:C.