解题思路：1、生物变异包括可遗传变异和不可遗传变异；
2、可遗传变异包括基因突变、基因重组和染色体变异．
3、基因突变能发生在有丝分裂和减数分裂过程中，能发生在病毒、原核生物和真核生物，在光学显微镜下观察不到．
4、染色体变异发生在真核细胞中，原核细胞和病毒没有染色体结构，在显微镜下可以观察到．
5、基因重组有自由组合和交叉互换两类．前者发生在减数第一次分裂的后期（非同源染色体的自由组合），后者发生在减数第一次分裂的四分体（同源染色体的非姐妹染色单体的交叉互换）．另外，外源基因的导入也会引起基因重组．
A、可遗传变异包括基因突变，基因重组和染色体变异，病毒没有细胞结构，主要成分为蛋白质和核酸，可遗传变异为基因突变；原核细胞没有染色体，则不能发生染色体变异，增殖方式主要为二分裂（无性生殖），也不能发生有性生殖过程中基因重组，所以所有生物均可发生的可遗传变异是基因突变，A正确；
B、基因突变在光学显微镜下看不见，B错误；
C、染色体变异包括染色体数目的变异和染色体结构变异，C错误；
D、四分体时期同源染色体上等位基因交换也能导致染色单体上的基因重组，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因突变的特征；基因重组及其意义；染色体结构变异和数目变异．
考点点评： 本题考查基因突变的特征、基因重组及其意义、染色体结构变异和数目变异的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．