长江的鱼类中,鲤形目鱼类占绝大多数,计有248种,占整个长江鱼类种数的70.8%.其次是鲇形目鱼类,有37种,占10.7%.长江的鲤形目鱼类分属于4个科,亚口鱼科仅有胭脂鱼一个种,鳅科有50种,鲤科181种,平鳍鳅科16种.鲤科不但是长江鱼类中最大的一个科,占了总数的51.7%,而且长江的主要经济鱼类,如鲤、鲫、青鱼、草鱼、鲢、鳙、鲂、 鳊、鲴、铜鱼等,都属于这个类群.同时,鲤科中所有的11个亚科,在长江内都有分布.特别是适应于高原环境的裂腹鱼亚科鱼类,在长江水系多达24种,而其他发源于青藏高原的河流,通常仅分布这一亚科鱼类的少数几种.