解题思路：题干中的“直接”两字是本题解题的切入点．生物实验观察中，很多都需要染色后才能在显微镜中观察到，如：线粒体、染色体、DNA和RNA等．
A、叶绿体是绿色的，不需染色，并且菠菜叶片下表皮保卫细胞含有叶绿体，因此在显微镜下可以看到菠菜叶片下表皮保卫细胞中具有多个叶绿体，故A正确；
B、花生子叶细胞需要用苏丹Ⅲ染色后才能观察到存在多个橘黄色脂肪颗粒，故B错误；
C、线粒体需要用健那绿染色后才能在显微镜下观察到，故C错误；
D、紫色洋葱鳞片叶外表皮细胞中有紫色的大液泡，因此细胞核观察并不清晰，故D错误．
故选A．
点评：
本题考点： 细胞观察实验；检测脂肪的实验；观察线粒体和叶绿体．
考点点评： 本题考查了教材中有关观察类实验，意在考查能独立完成“生物知识内容表”所列的生物实验，包括理解实验目的、原理、方法和操作步骤，掌握相关的操作技能，并能将这些实验涉及的方法和技能进行综合运用的能力．