解题思路：限制性核酸内切酶能够识别双链DNA分子的某种特定核苷酸序列，并且在特点部位切割磷酸二酯键断裂，形成黏性末端和平末端两种．DNA连接酶连接的是两个DNA片段之间的磷酸二酯键，作用于与限制性核酸内切酶相对的部位．
A、反转录酶能催化反转录过程，但其作用部位不是磷酸二酯键，A错误；
B、RNA聚合酶的作用是催化转录形成RNA，能形成RNA上的磷酸二酯键，而限制酶是作用于DNA上的磷酸二酯键，B错误；
C、DNA连接酶连接的是两个DNA片段之间的磷酸二酯键，作用于与限制性核酸内切酶相对的部位，C正确；
D、DNA解旋酶能解开双链DNA，破坏的是碱基对之间的氢键，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： DNA分子结构的主要特点；DNA分子的复制．
考点点评： 本题考查限制性核酸内切酶和DNA连接酶的作用部位，此题容易混淆，需要考生具备比较扎实的基本知识，明确反转录酶、RNA聚合酶、DNA连接酶、DNA解旋酶和限制酶的作用部位，并进行区分，选出正确的答案，属于考纲识记和理解层次的考查．