解题思路：基因自由组合定律的实质是：位于非同源染色体上的非等位基因的分离或自由组合是互不干扰的；在减数分裂过程中，同源染色体上的等位基因彼此分离的同时，非同源染色体上的非等位基因自由组合．
纯合高秆抗病水稻（DDEE）×纯合矮秆染病（ddee）水稻→F1的基因型为DdEe，F1
自交
F2中高杆抗病（[1/16]DDEE、[2/16]DdEE、[2/16]DDEe、[4/16]DdEe）：高杆不抗病（[1/16]DDee、[2/16]Ddee）：矮秆抗病（[1/16]ddEE、[2/16]ddEe）：矮秆不抗病（[1/16]ddee）=9：3：3：1，其中ddEE是最合乎理想的基因型，在F2中所占的比例为[1/16]．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因的分离规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因自由组合定律的实质及应用，要求考生掌握基因自由组合定律的实质，能根据题干信息判断F1的基因型，进而采用逐对分析法计算出F2中各种基因型的比例，再根据题干要求选出正确的答案即可．