y 不能省略,可以理解为：通过...方法
整句话的意思时： 很多的疫苗都是使用基因改造制造的.
这里使用了被动语态：be+过去分词,by而表示vaccine是动作承受者和using genetic modification是执行者.
made跟doing没有关系,而是by（所有介词除了to外）后面一定跟名词,而动词变名词就是+ing.
哎,被动语态有怎么难理解吗?当然也可以换过来变成主动语态；把执行者变成主语,承受者变成宾语,去掉过去分词形式.
“using genetic modification”,“make”,“many vaccines”这里没有人物执行者,你可以加上“Scientists,Geneticist,biologist,或者doctor.如：Scientists use genetic modication to make many of the vaccines.又或者
Genetic modification is used to make many of the vaccines. 有用一次被动语态.