解题思路：在减数第一次分裂后期，同源染色体分离，位于同源染色体上的等位基因也随之分离．A和a只存在于X染色体上，Y染色体上不含有对应的基因，则雄果蝇不含有等位基因，无所谓等位基因分离的问题．明确知识点，梳理相关知识，根据选项描述结合基础知识做出判断．
A、初级精母细胞是处于减数第一次分裂的细胞，在该细胞分裂过程中，由于性染色体只有1个X染色体，所以没有该等位基因A和a，A错误；
B、精原细胞只进行染色体的复制，不进行分离，也没有该等位基因A和a，B错误；
C、初级卵母细胞是处于减数第一次分裂的细胞，在该细胞分裂过程中，等位基因是随着同源染色体的分开而分离，所以能发生该等位基因分离，C正确；
D、卵原细胞只进行染色体的复制，不进行分离，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 细胞的减数分裂．
考点点评： 本题考查减数分裂过程中等位基因分离的时期，难度中等，属于考纲理解层次．解答本题的关键是理解等位基因的概念以及X染色体和Y染色体的区别．