原核生物的机体能在基因表达过程的任何阶段进行调控,如调控可在转录阶段、转录后加工阶段和翻译阶段进行.转录的调控主要发生在起始阶段,这样可避免浪费能量合成不必要的转录产物.通常不在转录延伸阶段进行调控,但可在终止阶段进行调控,终止可以防止越过终止子而进行下一个基因的转录.RNA的初级转录产物本身是一个受调控的靶分子,转录物作为一个整体其有效性可以受到调控,例如,它的稳定性可以决定它是否保存下来用于翻译.此外,初级转录产物转变为成熟分子的加工能力可决定最后mRNA分子的组成和功能.在真核细胞中,还可对RNA从核到胞浆中的转运进行调控.但是在细菌中,mRNA只要一合成,就可用于翻译.翻译也像转录一样,在起始阶段和终止阶段进行调控.DNA转录的起始和RNA翻译的起始路线也很相似.
真核生物基因表达的调控要比原核生物复杂得多,特别是高等生物,不仅由多细胞构成,而且具有组织和器官的分化.细胞中由核膜将核和细胞质分开,转录和翻译并不是偶联,而是分别在核和细胞质中进行的,基因组不再是环状或线状近于裸露DNA,而是由多条染色体组成,染色体本身结构是以核小体为单位形成的多极结构,真核生物的个体还存在着复杂的个体发育和分化,因此说真核生物的基因表达调控是多层次的,从DNA到RNA到有功能蛋白质多途径进行调控的.主要的调控途径有如下几个方面：
①DNA和染色体水平上的调控：基因的拷贝数扩增或丢失和基因重排,DNA修饰,在染色体上的位置,染色体结构（包括染色质、异染色质、核小体）都可影响基因表达.
②转录水平上的调控：转录起始的控制和延伸的弱化对mRNA前体的水平都会产生影响.
③转录后RNA加工过程和运送中的调控：真核基因转录出的mRNA前体,要经过加工才能成熟为mRNA,包括切割、拼接、编辑、5`和3`末端修饰等,成熟的mRNA再运出细胞核.
④翻译水平上的调控：5`端前导序列形成茎环结构降低翻译水平或抑制蛋白结合5`端,阻止mRNA的翻译.
⑤翻译后的调控：翻译后产生的蛋白质常常需要修饰和加工如磷酸化、糖基化、切除信号肽及构象形成等,才能成为有活性的蛋白质,可以利用这个过程有选择地激活或灭活某些蛋白质.
⑥mRNA降解的调控：控制mRNA寿命就能控制一定数目的mRNA分子产生蛋白质数量,这种调控是由mRNA 3`端的序列决定的.