解题思路：分析图可知，胰蛋白酶原和胰蛋白酶相比，肠激酶识别了胰蛋白酶原首端的一段序列，并在6号和7号两个氨基酸之间进行了切割．此时切割的也是肽键，形成的六肽中也存在肽键．
A、胰蛋白酶比胰蛋白酶原少了6个氨基酸，6个氨基酸里面含有4个肽键，它从胰蛋白酶原三切多时破坏一个肽键，所以应该少6个肽键，故A错误；
B、从图三可知胰蛋白酶原切多6个氨基酸后与胰蛋白酶空间结构不同，故B正确；
C、肠激酶与限制酶都具有专一性，在特定位点切割，所以具有相似的作用特性，故C正确；
D、胰蛋白酶原在胰腺分泌出来时没有活性，到了小肠后才有活性，所以避免了对胰腺蛋白质的消化，故D正确．
故选A．
点评：
本题考点： 酶在代谢中的作用的综合；蛋白质分子的化学结构和空间结构．
考点点评： 本题考查了酶在代谢中的作用、酶的作用特点等知识，要求能运用所需知识对某些生物学问题进行解释、推理作出合理的判断，及分析图表，提取相关知识的能力．